银杏苗一年生苗感病后，初期症状是茎基部变为褐色，叶片失去正常的绿色，稍向下垂，病部迅速向上发展后，全株枯死，叶片下垂不脱落。病茎皮层肥肿皱缩，表皮组织腐烂呈海绵状或粉末状，病菌浸入木质部，使髓部变为褐色或中空。病害扩展至根部后，使根皮层腐烂，如拔除疫苗，仅能拔出木质部而根部皮层则会留在土壤中。二年生苗木感病或一年生苗木发病轻的，病苗地上部部分死亡，当年可从基部发生新枝。炎热的夏季，土壤温度升高，当苗木茎基部受高温灼伤时，病菌便侵入危害。若苗圃地低洼易积水，苗木生长瘦弱发病率会显著增加。据观察，苗木一般在梅雨结束后10 至15天开始发病，以后发病率逐渐增加，至9月中旬停止发病。
防治茎腐病，应采取综合防治的办法：
一是选择地下水位较低，排水良好的地作苗圃，容器育苗，必须用无病原菌的土壤配制营养土坚持轮作制度，不在同一块地连续培育同一种苗木；
二是杀死病原菌。茎腐病菌是一种土生病菌，平时在土壤中营腐生生活。育苗前可用枯枝、枯叶、干草均匀撒在苗床上，点火焚烧，可杀死土壤中的病原菌。
三是施用腐熟肥料。肥料以农家肥为主，化肥为辅。垃圾肥和堆肥、厩肥可能带菌，应堆置发酵腐熟后才能使用。
四是在高温季节搭荫棚，可降低苗床温度，可使发病率减少85%以上；
五是提高幼苗抗病力，及时中耕除草、间苗、追肥使幼苗出土整齐，生长健壮。发病后，及时清除病苗，在病苗穴周围撒石灰粉，以防止蔓延。
